DIversité - Adaptation - DEveloppement des plantes

JEAI ModelCaf: Intégration d’un module génétique au sein du modèle GreenLab, 2015-2017, financement IRD, C2D-AGURES de l’Université J Lorougnon Guédé (Côte d’Ivoire), CIRAD et SCAC. http://modelcaf.net/ 

Responsable : Sélastique D. Akaffou (Université J Lorougnon Guédé, UJLoG, Côte d’Ivoire)

Personnel du Nord : Perla Hamon et Serge Hamon (IRD, DIADE), Romain Guyot (IRD, IPME), Sylvie Sabatier, Marc Jaeger et Philippe de Reffye (CIRAD, AMAP), Véronique Letort (CentraleSupélec, MICS)

Personnel du Sud : Hyacinthe Legnaté et Désiré Pokou (CNRA), Kouassi H Kouadio, Olivier N Konan et Amadou Kamagaté (UJLoG)

Mots clé : GreenLab, Caféiers, architecture, fonctionnement, simulation, module génétique

Objectifs du projet : L’objectif global du projet est d’augmenter la performance du modèle GreenLab en termes de prévision et d’optimisation de la production du caféier. Plus spécifiquement, il s’agit : i)- d’étudier le développement et la croissance des caféiers, ii)- d’identifier les QTLs de caractères d’architecture, de production et des paramètres endogènes estimés et iii)- d’implémenter le modèle GreenLab par des données génétiques.

 


Genome13: Génomique comparative chez les caféiers. 2015-2020. Financements : contributions des partenaires publics et privés du consortium.

Responsables : Perla Hamon, coordination partagée avec R Guyot (IPME) depuis 2017.

Personnel du Nord : Giovanni Giuliano (ENEA, Italie), Emmanuel Couturon, Serge Hamon, & Alexandre de Kochko (IRD, DIADE), Romain Guyot (IRD, IPME), Victor A. Albert (University at Buffalo, USA), Dominique Crouzillat (Nestlé R&D, Tours, Robert J. Henry (University of Queensland, Australie).

Personnel du Sud : Douglas S. Domingues (FUT, Brésil), Luiz Filipe Pereira (EMBRAPA, Brésil), Sélastique Akaffou (UJLoG, Côte d’Ivoire), Hosahalli Sreenath (CBI, Inde), Sylvain Razafimandimbison (SMNH, Suède), Jean-Jacques Rakotomalala et Nathalie Raharimalala (FOFIFA, Madagascar).

Mots clé : caféiers, génomique comparative, évolution des génomes

Objectifs du projet : L’objectif global du projet est  de mieux comprendre l’histoire évolutive des caféiers pour une meilleure préservation et utilisation des ressources génétiques disponibles à partir du séquençage de petits (Illumina, actuellement 65 espèces) et longs fragments (PacBio, actuellement 7 espèces).

Plus spécifiquement, il s’agit :  i)- d’établir la phylogénie maternelle du genre, ii)- d’analyser la dynamique des éléments transposables et de comparer les contenus en gènes, iii)- d’étudier les bases génétiques et fonctionnelles de caractères d’intérêt utiles pour l’amélioration variétale et iv)- in fine de favoriser la préservation et la valorisation des ressources génétiques dans un contexte de développement durable.

 


ACGC Arabica Coffee Genome Consortium

Séquençage du génome de Coffea arabica

Coordonateurs : Alexandre de Kochko (IRD, EvoGeC) & Dominique Crouzillat (Nestlé R&D Tours, France)

Partenaires : 14 pays, 26 Institutions, 65 membres

Mots clés : Séquençage de génomes entiers, polyploïdie, Coffea arabica, C. canephora, C. eugenioides, cartographie génétique, évolution du génome, perte de gènes

Objectifs :

Produire un génome de C. arabica de haute qualité à partir d'un di-haploïde.

Produire une version 2 du génome de C. canephora et une version 1 de celle de C. eugenoides.

Différencier les deux sous-génomes de C. arabica.

Réaliser une annotation génique fine en utilisant du RNASeq (Illumina) et des séquences d'ADNc pleine longueur (Iso-Seq de PacBio).

Evaluer les modifications structurelles induites par la polyploïdisation.

Cataloguer la diversité génétique chez C. arabica par re-séquençage de multiples accessions sauvages et cultivées.

Réaliser une analyse de génomique des populations.

Rendre les données facilement accessibles aux producteurs, aux améliorateurs/sélectionneurs et aux chercheurs grâce à une interface Web en établissant un site consacré et en utilisant les sites existants de « Sol genomics » (SGN) et MoccaDB

 


 ClimCoffea

Adaptation du café Robusta au stress hydrique et aux hautes température: des gènes candidats aux variants tolérants à la sécheresse

Responsables : Valérie Poncet (UMR DIADE, DYNADIV) & Alan Andrade (EMBRAPA café, Brésil)

Partenaires du Nord : Alexandre de Kochko (UMR DIADE, EVOGEC), Christine Tranchant-Dubreuil (UMR DIADE, RICE), Pierre Marraccini (CIRAD), Dominique Crouzillat, Olivier Daracq (Nestlé R&D), Anten Niels, Aad van Ast (Univ. Wageningen, Pays-Bas)

Partenaires du Sud : Luciano V Paiva, (Univ. Lavras, Brésil), Gustavo C Rodrigues, Milene A Carvalho, Antônio F Guerra, Gabriel F Bartholo (EMBRAPA, Brésil), Andrew Kiggundu, Pascal Musoli, Catherine Kiwuka (NARO, Ouganda).

Mots clés : Coffea, tolérance à la sécheresse, gènes candidats, séquençage de nouvelle génération (NGS), habitats naturels, plantes sauvages apparentées à des cultures (WCR), variétés résilientes au climat.

Objectifs : L'objectif de ce projet est d'explorer la variabilité génétique naturelle de Coffea canephora (la deuxième espèce de caféier la plus cultivée) en réponse aux changements climatiques. Les trois principales questions abordées sont les suivantes: i) évaluer la diversité des caractères de tolérance à la sécheresse chez C. canephora et ce dans un large éventail d'accessions cultivées et sauvages du Brésil et de l'Ouganda; Des clones de la variété conilon du Brésil, déjà répertoriées comme sensibles ou tolérants à la sécheresse, seront utilisés comme témoins ainsi qu'un sous-ensemble représentatif de chacun des groupes de diversité pour l'ensemble de la diversité du Robusta. ii) Identifier et caractériser la diversité allélique (SNP) au niveau des gènes candidats de tolérance à la sécheresse et au niveau du génome à l'aide de techniques de séquençage de dernière génération. Et iii) Effectuer une analyse détaillée de la relation entre la variation climatique et la variation génétique de C. canephora chez les gènes candidats à la tolérance à la sécheresse en utilisant la distribution géographique des populations sauvages avec des habitats contrastés.    

Recherches
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